Die Geschichte der Protestanten in Lyon ist tiefgreifend und verbunden mit dem Fortschritt der Stadt selbst. Im 16. Epoche erlebte Lyon eine Aufschwung des Calvinismus, wobei zahlreiche Händler und intellektuelle Persönlichkeiten sich dem neuen Glauben zuwandten. Diese anfängliche Präsenz führte zu einer lebendigen reformierten Kirche, die jed